A Fundação Júlio Pomar foi instituída pelo artista em 9 de Dezembro de 2004, na sequência de um projecto iniciado pela Câmara Municipal de Lisboa com a aquisição, no ano 2000, de um prédio destinado a servir como seu Atelier, prevendo-se desde logo a futura “constituição de um Atelier-Museu, onde ficarão depositadas as obras que constituem o acervo pessoal do pintor.”

O projecto de adaptação do edifício, um antigo armazém na zona histórica da cidade, foi confiado ao arquitecto Álvaro Siza, por sugestão do artista. Os trabalhos arquitectónicos tiveram início em Abril de 2007.

De acordo com um protocolo estabelecido com a Câmara de Lisboa, o futuro Atelier-Museu ficou integrado na rede dos museus e equipamentos culturais do Município, desenvolvendo as suas actividades em colaboração com a Fundação Júlio Pomar, que aí  instalará os seus arquivos e as obras do acervo doado pelo pintor.

Antes mesmo de formalizada a sua criação, a Fundação iniciou a constituição de um arquivo documental e fotográfico, para além de se associar à organização de edições e exposições antológicas da obra de Júlio Pomar. O início da actividade pública e a abertura de uma sede provisória ficou assegurado pelo estabelecimento de um protocolo com a Caixa Geral de Depósitos, a que se seguiu outro acordo  com a Companhia de Seguros Fidelidade Mundial relativo ao acervo de obras de arte da FJP. Para além da colaboração em iniciativas de outras entidades, a Fundação tem vindo apresentar exposições da obra de Júlio Pomar em numerosas localidades do país.

O logotipo da FJP foi desenhado e oferecido por Henrique Cayatte